Основним напрямком роботи відділу є  діагностична робота, яка включає в себе патологоанатомічні дослідження, гістологічні та експрес-методи.

Патологоанатомічні дослідження включають: патологоанатомічний розтин трупів тварин, огляд ізольованих органів.

Гістологічні дослідження проводяться з метою визначення складників різних видів м’ясопродукції та сировини, напівфабрикатів та готової продукції з м’ясної сировини мікроструктурним методом.

Експрес-методи: IDEXX HerdChek BSE Antigen, EIA & HerdChek BSE-Scrapie Antigen, Roboscreen Beta Prion BSE EIA для діагностики губчастоподібної енцефалопатії великої рогатої худоби та скрепі овець.

Дослідження на ГЕ ВРХ проводиться методом ІФА з використанням тест-систем Roboscreen Beta Prion BSE EIA. Наша лабораторія проводить дослідження зразків з Рівненської, Житомирської та Волинської областей.

На сьогоднішній день у відділі проводяться діагностичні дослідження з використанням сучасного обладнання та програмного забезпечення, що дозволяє архівувати результати досліджень в електронному вигляді.

Також відділ проводить відбір патологічного та біологічного матеріалу для досліджень заразної та незаразної етіології в Рівненській РДЛДПСС.

Патоморфологічний відділ проводить відбір щелеп від диких м‘ясоїдних та направляє для проведення оцінки якості проведеної щорічної кампанії пероральної вакцинації в ДНДІЛДВСЕ в м. Київ.